Il Copego dispone di un laboratorio interno allo stabilimento per l'esecuzione dei controlli analitici relativi alle procedure di autocontrollo previste dal Reg.CE n. 853/2004, regolamento che fissa le norme sanitarie per la produzione e l'immissione sul mercato dei molluschi bivalvi vivi destinati al consumo umano diretto o la trasformazione prima del consumo.

Allo scopo di meglio identificare i punti di rischio nell'ambito dei processi produttivi ai fini della prevenzione di rischi per la salute del consumatore è stato adottato il sistema HACCP.

Le metodiche di analisi microbiologiche adottate sono quelle previste dal Regolamento CE n. 2073/2005

Il laboratorio microbiologico presidia in maniera continuativa la qualità delle materie prime, esercitando un controllo puntuale sul prodotto sia prima che dopo la depurazione; realizza inoltre analisi microbiologiche e determina i parametri chimico-fisici sull'acqua di processo.

Vengono monitorati quotidianamente i parametri relativi alla temperatura, salinità, pH, ossigeno disciolto, cloro residuo.