La molluschicoltura è, fra le attività di acquacoltura tradizionalmente intraprese nella Sacca di Goro, quella che ha raggiunto lo sviluppo maggiore e gli allevamenti occupano ormai circa 10 Km2 dei suoi 27 Km2 totali.
Se l'allevamento della vongola verace filippina (Ruditapes philippinarum), specie alloctona di origine asiatica, rappresenta la produzione più importante, non bisogna dimenticare la presenza di impianti fissi di cozze (Mytilus galloprovincialis) in sospensione, l'attività di mitilicoltura su fondale sia in allevamento che su banco naturale e l'attività di pesca di ostriche della specie Crassostrea gigas su banco naturale. Risalgono agli anni '70 - '80 le sperimentazioni sulla riproduzione dei molluschi, realizzate in collaborazione con l'Università di Ferrara, che hanno portato al varo dell'allevamento di cozze e vongole veraci. Il Copego opera in una delle aree più fertili per la molluschicoltura ovvero il Delta del Po.
In particolare, il Consorzio possiede ampi impianti di allevamento in Concessione Demaniale Marittima nella Sacca di Goro che, grazie alle sue caratteristiche, è stata oggetto di una cospicua raccolta di cozze e vongole veraci su banco naturale sin dagli anni Settanta. Con l'introduzione di allevamenti su fondo e in sospensione e con l'inizio della commercializzazione di molluschi su scala nazionale ed internazionale, il Consorzio è andato costituendo un complesso ed avanzatissimo sistema di acquacoltura. Oggi questa attività si svolge su 620 ettari di allevamenti di vongole veraci nella Sacca di Goro e circa 1100 ettari per i mitili, presenti sia in Sacca sia al largo dello Scanno di Goro.
